Jason Bourne ha recuperado su memoria, pero eso no significa que el más letal agente de los cuerpos de élite de la CIA lo sepa todo. Han pasado doce años desde la última vez que Bourne estuviera operando en las sombras. ¿Qué ha ocurrido desde entonces? Todavía le quedan muchas preguntas por responder. En medio de un mundo convulso, azotado por la crisis económica y el colapso financiero, la guerra cibernética, y en el que varias organizaciones secretas luchan por el poder, Jason Bourne vuelve a surgir, de forma inesperada, en un momento en que el mundo se enfrenta a una inestabilidad sin precedentes. Desde un lugar oscuro y torturado, Bourne reanudará la búsqueda de respuestas sobre su pasado.

Mientras un experto en matemáticas prepara los libros para un nuevo cliente, el Departamento del Tesoro se acerca a sus actividades y el número de muertos comienza a aumentar.

Un grupo de personas, desconocidas entre sí, despiertan en un lugar deshabitado. Pronto se dan cuenta de que alguien intenta, literalmente, cazarlos como a animales.

Ngoc Minh Quan, un ex soldado de reconocimiento de largo alcance de la Guerra de Vietnam, dirige un restaurante chino llamado Happy Peacock en Londres junto a su socio comercial Lam. Cuando su hija adolescente Fan es asesinada en un atentado en una tienda de ropa, él busca venganza. El grupo que se hace llamar "Authentic IRA" se atribuye la responsabilidad del atentado. Al no obtener los nombres de los perpetradores por parte de Scotland Yard, Quan se enfoca en el Primer Ministro de Irlanda del Norte y en el viceprimer ministro Liam Hennessy, quien habla públicamente sobre su pasado como líder del IRA Provisional mientras condena el atentado. Quan finalmente viaja a Belfast y busca a Hennessy, quien afirma no tener conocimiento del atentado ni de sus autores. Quan no le cree y coloca una bomba casera en la oficina de Hennessy como una amenaza hasta que obtenga los nombres de los terroristas.

El legendario espía James Bond ha dejado el servicio activo. Su paz dura poco ya que su viejo amigo Felix Leiter de la CIA aparece pidiendo ayuda, lo que lleva a Bond al rastro de un misterioso villano armado con nueva tecnología peligrosa.

El Dr. Will Caster es un científico que investiga la naturaleza de la sapiencia, incluida la inteligencia artificial. Él y su equipo trabajan para crear una teoría computacional de la mente; él predice que una computadora así creará una singularidad tecnológica, o en sus palabras, "Trascendencia". Su esposa, Evelyn (Rebecca Hall), también es científica y lo ayuda en su trabajo.

Ray Breslin lidera a un equipo de especialistas en seguridad entrenados para sacar a presos de las cárceles más impenetrables. Cuando uno de sus miembros es secuestrado y encerrado en una de las cárceles más sofisticadas del mundo, Ray tendrá que dar con él con la ayuda de algunos de sus amigos.

La tripulación del barco Serenity intenta evadir a un asesino enviado para recapturar a uno de sus miembros que es telepático.

Emily Young, una estudiante de último año, quiere ser elegida como presidenta de su hermandad. Adopta un lindo perezoso, pensando que puede convertirse en la nueva mascota y ayudarla a ganar, hasta que una serie de fatalidades implican al perezoso como el principal sospechoso de los asesinatos.

En Estocolmo, Suecia, la hacker vigilante Lisbeth Salander es contratada por el programador informático Frans Balder para recuperar Firefall, un programa capaz de acceder a los códigos nucleares del mundo que él desarrolló para la Agencia de Seguridad Nacional, ya que Balder cree que es demasiado peligroso que exista. Lisbeth recupera con éxito Firefall de los servidores de la NSA, atrayendo la atención del agente Edwin Needham, pero no logra desbloquearlo y posteriormente el programa es robado por mercenarios liderados por Jan Holtser, quienes también intentan matar a Lisbeth. Cuando ella no se presenta a su cita programada, Balder cree erróneamente que Lisbeth decidió quedarse con Firefall para ella misma y contacta a Gabrielle Grane, la subdirectora del Servicio de Seguridad Sueco (Säpo), quien traslada a Balder y a su hijo pequeño August a una casa segura. Mientras tanto, Needham rastrea el inicio de sesión no autorizado hasta Estocolmo y llega en busca de Lisbeth y Firefall.